南北交通廊道建设工程进入最具挑战的施工阶段。除了须在运营中的地铁线路、主要道路及人口密集地区附近施工，工程团队也陆续发现一些前期勘察未能掌握的情况。
沿线不同路段的地质条件差异较大，包括部分地段出现坚硬岩层等，增加施工难度和复杂性，延长工程时间。
南北交通廊道的主结构之一是8.8公里长、40米宽、19米高的高架桥，整座高架桥需安装6000多个预制构件。
工程在主要道路上方进行，为了减低对道路使用者和巴士服务的影响，构件的吊装和安装工作安排在夜间非高峰时段进行。从凌晨1点开始，每晚仅有四到五个小时的作业窗口。
陆路交通管理局南北交通廊道组副总署长汪培文说： “随着工程推进，我们发现地下的实际情况比预期更具挑战，因此我们也相应调整了设计和施工方案，确保工程安全进行，也保障周边的基础设施不受影响。”
像是甘巴士道和兀兰8道一带的高架桥工程，就因地下管线加上打桩和承台施工时遇到不利的地质条件，地基工程所需时间比预期长。
高架桥施工环环相扣，地基工程一旦延误，桥柱、横梁和预制构件安装等后续工程也会相应推迟。
工程团队在汤申一带也面对另一个大挑战，浅层地底存在大范围的坚硬岩层和大型巨石，长达约200米的路段受影响。团队必须通过爆破移除多达1万8000立方米的坚硬岩石，相等于填满约七个奥运标准游泳池，大幅增加施工难度和复杂性。
在诺维娜一带，隧道必须从正在运营的南北线上下方穿越，最近距离只有约一米。
从南北线上方穿越的南向隧道工程顺利完成，但施工团队在开挖北向隧道时，发现前期勘察无法发现的破碎岩层和地下水，因此必须分段开挖和加固，确保地铁安全运行。
尼诰大道一带的隧道也必须从环线隧道上方穿越，一些部分的距离只有1.5米。加上填海区地基土质松软，陆交局在展开隧道挖掘工程前，采用专门的管棚技术和地基改良措施，加固并稳定周围土层。
甘榜爪哇一带则必须在现有的高架桥下方建造叠层隧道，因此需要进行复杂的基础托换工程，稳固支撑现有的高架桥。这些工程必须按照严谨的施工顺序进行。
陆路交通管理局表示会密切关注工程进度，并在适当时候公布项目预计的竣工时间。
