卫生科学局至今共接获6606起公众接种疫苗后疑似出现副作用的通报，占疫苗施打总数的0.12%。当中，252起属于严重副作用。
当局第三次发布的疫苗安全监测报告显示：本地目前已施打了超过547万剂信使核糖核酸疫苗。接种者常见的副作用包括：施打部位疼痛肿胀、晕眩、发烧、肌肉酸痛、头痛、呼吸急促和过敏反应。较常见的严重副作用则包括：全身和严重过敏反应。
当局也透露，12到18岁的青少年接种者当中，最常见的副作用包括：红疹、呼吸急促、晕眩和短暂昏阙。当局表示：接种后出现短暂昏阙的情况在这个年龄群体中并不罕见，主要是因为接种者担心施打过程和害怕疼痛而引起的，跟疫苗无关，海外情况也相同。
另外，当局也接获12起接种者出现心肌炎和心包炎的通报，当中七起是年龄不到30岁的男性。多数病例是在接种第二剂疫苗后发生，但有六起是在接种第一剂疫苗后就出现。尽管如此，发病率依旧偏低，而本地也没有出现心脏病暴发、中风或其他跟疫苗相关的死亡病例。
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